上世纪60年代初期，随着大庆油田的开发，我国国民经济发展所需石油及其产品实现基本自给；也由于天然石油，特别是轻质原油的加工成本低于人造石油，这使得一些人，包括领导，认为我国能源问题已经解决，因而出现一些缺乏远见的主张和做法：其一是缩减乃至停止人造石油的建设和生产；其二是我国的燃料结构由以煤炭为主转为以石油为主。这在赵宗燠看来是十分幼稚的，是对资源的极大浪费。他认为，石油是宝贵的化工原料，应主要用于工业生产；而且其蕴藏量也很有限，经不起无限开采，再有半个世纪左右，世界上将无油可采。在人类未找到新能源以前，只有煤炭是可替代的能源。所以，煤炼油工业不但不应下马，还应有更大的发展。
然而，在“左”的思潮越来越泛滥的情况下，他坚执的意见，他的高瞻远瞩并没有被接受。结果是：建设中的大同煤炼油厂和北京煤炼油厂都下马了，石油五厂（锦西煤炼油厂）很快转为加工天然原油，而石油六厂（锦州煤炼油厂）坚持到1967年9月也终于停产；惟一的煤炼油科研机构──石油化工科学研究院煤炼油研究所也合并到四川，不再安排煤炼油任务。在以后二三十年的岁月里，赵宗燠所做的一切努力，是同这些在能源利用上急功近利的、违反科学的、愚昧的思想和行为做斗争。
1982年，赵宗燠在出席国家科委煤炭汽化液化专业会议和石油部科技委会议时，接连发出《我国亟待制订一个煤炼油样板厂发展规划》和《石油部亟待制订一个开发石油代用品样板厂的工业发展规划》的呼吁。在1985年召开的全国政协六届三次会议上，他联合侯祥麟、汪寅人等委员共同递交了《采用煤炭直接液化技术，生产清净的液体与气体燃料》的提案。
1987年，锦州炼油厂邀请赵宗燠出席该厂成立50周年庆祝活动。赵宗燠利用这个机会大声疾呼恢复煤炼油生产。他著文写道：“我国煤炭资源尤为丰富，分布又广。但使用效率低，环境污染大。如果采用合成油工程，将煤炭就地转化为能级高、质量好、技术密集型的石油和石油化工产品，不但能成倍提高使用效率，而且能10倍地提高经济效益；再加上环保效益和社会效益，其效益之大是难以估量的。因此，国家有关部门和有煤少油的省市，要尽早考虑以煤为原料的合成石油及石油化工的战略部署，或制定工程发展的具体计划。这并非言之过早，而是事不宜迟！”
虽然国家在煤炼油工业生产建设的认识和实践上走了一段弯路，但在赵宗燠等科学家的不懈努力下，总算没有完全放弃。1987年中国石油化工总公司机关党委在其第三期《简报》中提到：“在石油代用品的生产建设方面，在赵宗燠同志的建议促进下，无论是石油部，或后来的石化总公司，都列入了每个五年计划和年度计划，保持了适度的投资。”
可以告慰赵老的是，进入21世纪以后，这项事业进一步得到重视，他所在的石油化工科学研究院在相隔40多年后，与其他科研单位合作，重启煤炼油课题项目；2004年以来我国已有四座年产100万—300万吨油品的煤炼油工程上马，专家预计，到2020年，我国煤炼油工业将形成相当一亿吨原油的生产能力。
环境保护本不是赵宗燠所从事的专业，他从上世纪60年代开始对我国工业生产中日益严重的污染问题十分忧虑。那时，对工厂的烟囱冒黑烟，是当作工业建设的成就来歌颂的。到了80年代初，在大城市里，由于居民、汽车和新开工的工业建设工程日益增多，污染问题更为严重。于是，赵宗燠在倡导和推进开发“第五大能源”的同时，更加关心三废污染的治理、工业与民用能源结构的改革问题。
1984年5月，他在同《经济日报》记者谈话中，在我国较早地论述了经济建设与环境保护的关系，强调“要同步走，不要独脚跳”。1984年1月23日夜晚，赵宗燠家厅堂里挂钟的时针已经指向正上方，可伏案疾书的这位八旬老人好像忘记了是子时还是午间，他手中的笔尖不停地在方格纸上奔跑。直到凌晨三点钟，他房间亮了半夜的灯才熄了。他是在为国务院煤炭基地研讨会准备发言稿。这些天白天活动多，腾不出时间，他只得这样连续几个晚上地赶写。
第二天会上，他强忍疲惫，总算作完发言。回到座位时，他突然感到一阵从未有过的窒闷、绞痛、眩晕、虚软。为了不打扰会议，他悄悄为自己生命的最后时刻做了安排，把身体在桌椅上稳固好……须臾，他的心脏停止了跳动。经过医院紧急抢救，赵宗燠醒过来了，他看着大家，颇有歉意地说：“到底叫我把会给搅了。快送我回家，大家继续开会吧。”
从死神那里挣脱回来，两个月之后，他又开始到北京的一些垃圾场（站）去考察，抱病完成了洋洋万言的《固体废弃物（垃圾）污染的调查报告和建议》，随即由全国政协印发城乡建设环境保护部及北京市政府。1985年5月，全国政协在印发此文时写道：这份报告是科技组副组长赵宗燠常委在医生嘱咐不能过劳的情况下，对固体废弃物的污染和处理问题进行了调查后写成的。
1984年，赵宗燠感到生命似乎到了尽头，便向党组织表露出入党的愿望。几天之后，他成为一名共产党员。这之后，赵宗燠又为解决石化用于工程材料、农业和包装用塑料制品的污染治理问题开展研究工作，他还有很多新的构思，和许许多多要解决的问题……
1989年10月10日，赵宗燠因病逝世，终年85岁。按照赵宗燠临终嘱咐，他的夫人王应明及子女，将他毕生购集珍藏的科技图书和资料计1320册，赠给了石油化工科学研究院图书馆。