在炼制过程中，要把原油中的硫处理掉，使炼出来的油品不含或少含硫。原始的办法是把原油中的硫化氢作为废气从烟囱中放入天空，致使炼油厂附近地域的空气恶臭。现在炼油厂通常使用加入乙醇胺的办法回收硫化氢，经过处理后的废气基本不含污染空气的硫化氢，还可以从回收的硫化氢中提取硫磺。
炼油与化工都会产生大量废水，废水处理的第一步是隔油。废水中会含有一些污油，由于油轻水重，在水面形成一层油膜，可以在隔油池内收回油膜。
经过隔离池后，废水中含油明显减少，但是还存在一些很细的悬浮在水里不会自动悬浮到水面的小油珠，去除的办法是加入明矾来净化水质。
最后，废水中还有被溶解的杂质，利用微生物（细菌）从水中来分离这些杂质，还可以通过活性炭吸附水中杂质，如此处理后的废水就能达到国家排放标准。