生物乙醇和生物柴油除了可用作汽车燃料外，生物燃料的其他应用也脱颖而出。
日本铃木汽车公司于2008年8月底宣布推出采用100%生物乙醇燃料的汽车，并将于2010年在南美和日本市场上销售。该公司计划于2009年3月底在巴西等地推销汽油-生物乙醇（25%生物乙醇）燃料的汽车。
截至2008年8月，在美国，销售的最高乙醇调合燃料为85%乙醇。克莱斯勒、福特、通用和日产汽车公司现已销售并上路的汽车总计达700万辆。
美国运输燃料与发电用生物柴油生产商与销售商Safe可再生能源公司（SRC）于2007年10月中旬供应生物柴油，用于美国第一座以100%生物柴油用于洁净发电的装置。该装置位于美国德州Conroe，由生物燃料发电公司拥有和操作，可生产10MW电力，直接供给电网。生物柴油是可洁净燃烧、环境友好的替代燃料。可再生能源公司（SRC）将为该装置供应100万加仑/月的纯生物柴油（B100）。
皇家加勒比海邮轮2007年从Imperium可再生能源公司购买1500万加仑生物柴油，此后4年内将每年购买1800万加仑生物柴油。据称，这是美国终端用户最大的长期生物柴油销售合同。代表马来西亚棕榈油协会的组织美国棕榈油理事会（APOC）于2008年11月13日表示，赞赏美国南佛罗里达地区运输局的决定，使Tri-Rails公司的8~10辆机动车改用99%由棕榈油或大豆油生产的生物柴油调合油。Tri-Rails公司采用生物柴油燃料是南佛罗里达地区保护环境的重要举措。
法国公司Theolia旗下在比利时的可再生电力公司Thenergo于2008年3月底宣布，在比利时Meer地区采用生物燃料建设6.5MW联产热电站。投资为2850万欧元的装置将于2009年第4季度投运。该装置将采用不可食用的油籽作物麻疯树油以及当地农业废弃物产生的生物气体为燃料。
位于美国印第安那州西Lafayette 的Swift企业公司于2008年6月推出新的航空燃料。这种航空燃料与市场上任何产品相比，价格较低廉、燃料效率较高，并且环境友好。航空工业已宣布计划应用于商业化航线飞行。Swift企业公司这种100%的可再生航空燃料在2008年4月28日召开的航空燃料标准国际年会上已正式发布。它与现在的生物质燃料不同，这种称之为SwiftFuel的航空燃料由生物质衍生的合成烃类组成，其用于飞机的有效行程范围（二次加注燃料之间的行程距离）高于石油，预计其成本为现有由石油制造成本的一半。Swift企业公司的这种创新燃料可满足或超过美国国家实验室认定的航空燃料标准。这一认定得到在维吉尼亚州Alexandria的ASTM国际协作研究委员会的支持。ASTM国际委员会是世界上最大的标准开发组织之一。Swift企业公司在7年之前创建于Purdue研究园区，从事能源领域开发研究已有20多年历史。据称，这种燃料不同于第一代生物燃料，如E-85（85%乙醇燃料），E-85现在还不能很好地与石油相竞争。对航空飞机而言，这一要求是最高的。Swift企业公司开发的这种燃料不仅可完全替代航空工业的标准石油燃料，而且可超过它。普通航空工业每年使用近5.7亿加仑100LL航空燃料。这种航空燃料有毒，价格昂贵，且不可再生。相反，试验表明，SwiftFuel航空燃料的燃料效率要高出15%~20%，无硫排放，无需添加稳定剂，冰点要低30度，不会产生新的碳排，同时无铅。此外，这种燃料的组分可调配替代喷气/涡轮燃料。自从美国环保局于30年前实施禁铅以来，航空工业是运输业中唯一仍使用含铅燃料（四乙基铅）的部门。然而，全面禁铅将在不到2年的时间内实现。包括国内和海外在内的普通航空工业正在寻求解决这一困境的途径。Swift企业公司新的专利技术可提供美国航空工业所需的180万加仑/天的燃料，这可通过仅利用美国现有生物燃料基础设施的5%来实现。据称，这种燃料可望改变航空历史，并有助于美国印第安那州和中西部地区的经济发展，这些地区拥有丰富的资源可生产SwiftFuel航空燃料。
高油价和环保的压力使得国际著名的飞机制造商波音和空客都在寻求替代能源的解决办法。在一架空客A380完成了以液化燃气为燃料的试验飞行之后，波音公司也宣布了其可持续性生物燃料示范飞行计划。波音公司携手美国大陆航空公司和通用电气航空宣布在2009年上半年进行生物燃料示范飞行的计划。此次生物燃料飞行将使用一架波音新一代737飞机来完成，这架飞机装备了CFM国际生产的CFM56-7B发动机。CFM是通用电气和法国斯奈克玛（SAFRAN集团）各持50％股份的合资公司。据透露，该燃料不影响粮食农作物、水资源，不促成森林采伐，并且有足够产量支持试飞前的测试计划。这些测试包括实验室和地面进行的飞机发动机性能测试，以保证符合严苛的航空燃油性能和安全要求。
随着喷气燃料价格的上涨和全球推进削减碳排的行动，新西兰空军于2008年6月5日表示，计划在今后5年内使其燃料消费的10%采用生物燃料。据称，新西兰喷气式飞机到2013年将使用100万桶/年生物燃料。新西兰空军着手试验环境可持续的燃料应用于航空业。新西兰航空业于2008年底完成使用生物燃料试飞，采用来自非洲麻疯树生产的燃料。新西兰航空业在前3年内减排二氧化碳9.1万吨。
德国Lufthansa公司于2008年6月下旬宣布，计划2020年使航空飞行用喷气燃料采用10%生物燃料。使用生物燃料是德国航空业环境策略的一部分。该策略旨在到2020年使航线飞行每千米的碳排减少25%，相当于2006年水平。Lufthansa公司航线是仅次于维尔京大西洋（Virgin Atlantic）公司航线和新西兰航空公司航线计划切换使用生物燃料的第三家商业航线。新西兰航空公司计划在今后5年内使用生物燃料满足其燃料需求的10%。基于Auckland的航线于2008年第4季度使波音747-400 Rolls-Royce发动机采用麻疯树籽生产的生物柴油。2007年维尔京大西洋（Virgin Atlantic）公司已计划在今后5年内采用生物燃料用于商业飞行。
罗尔斯罗伊斯（Rolls-Royce）公司与英国BA（British Airways）公司于2008年7月15日宣布，已开始研究航空工业替代燃料的试验程序。该项研究将确认现有航空工业标准燃料煤油的实用替代方案。两家公司为British Airways波音747用Rolls-Royce RB211发动机试验将供应替代燃料试样。这一试验将打开罗尔斯罗伊斯（Rolls-Royce）公司在英国Derby进行发动机试验的大门。替代燃料选择多达4种，先完成实验室试验。试验向罗尔斯罗伊斯与BA公司将分别供应6万升。
另外，新西兰航空公司与波音和罗尔斯罗伊斯合作，进行第二代生物燃料的验证飞行。
维尔京大西洋（Virgin Atlantic）公司波音747已采用生物燃料从Heathrow 飞行至Amsterdam。空中客车（Airbus）公司A380已采用天然气制液体燃料进行短时间试飞。
飞机制造商波音公司于2008年10月底表示，世界上以生物燃料为动力源的飞机将在3年内承载数百万人计的乘客。美国喷气式飞机制造商的环境专家表示，这一认证速度将会比预想的要快。在不久的将来，使用生物燃料将会获得认可。分析家认为，在3~5年内，生物燃料将会获得商业应用，并且时间可能会提前。
使用生物燃料和煤油的调合油，飞机无需改造就可应用。然而，如何收获足够的生产生物燃料的植物来满足航空工业的需求是大量使用生物燃料的最大障碍。例如，为世界1.3万架商业飞机加注大豆基燃料，就需要相当于欧洲整个土地面积来生产大豆。
波音公司预计，飞机可采用30%的生物燃料调合油，并且认为可采用100%的调合油，但是，生物燃料尚不能充分供应每年消费850亿加仑煤油的航空业。
新西兰航空公司宣布于2008年12月30日采用50：50的麻疯树油的生物基Jet -A1燃料混合油，利用波音747-400飞机中–台罗尔斯罗伊斯RB211发动机完成试飞。合作伙伴为罗尔斯-罗伊斯（Rolls-Royce）公司和UOP公司，喷气式飞机4台罗尔斯-罗伊斯RB211发动机采用Jet A-1与UOP公司“绿色喷气燃料”（由麻疯树果生产的合成石蜡基煤油SPK）50/50混配物推动。新西兰航空公司现成为使用商业化有可持续来源的生物燃料的第一家航空公司。波音公司、新西兰航空公司和UOP公司与项目开发商Terasol能源公司通过初步试飞已确认了使用麻疯树生产生物燃料的可持续性。在该生产工艺过程中，UOP公司使麻疯树油脱氧化处理，再通过选择性裂化和异物化就可生产出生物喷气燃料，这种生物喷气燃料与常规石油基喷气燃料的调合比可高达50%。为这次飞行生产的燃料使世界上第一次为航空业大规模生产出可商业化应用的、有可持续性的生物燃料。新西兰航空公司的进一步测试表明，麻疯树基生物燃料能符合所有关键的规格要求，包括冰点-53° F (-47° C)和闪点100° F (38° C)。麻疯树可在宽范围条件下生长，生产的麻疯树籽含有不可食用的脂质油，脂质油被抽出来就可用于生产燃料。麻疯树籽可产出30%~40%的油。试飞采用了UOP公司生产的“绿色喷气”生物基合成的石蜡基煤油（SPK）。
美国大陆航空公司于2009年1月9日在休斯敦第一次采用以生物燃料为动力进行美国商业化飞机的验证飞行。该验证飞行在一个发动机中采用50：50的传统喷气燃料与从海藻和麻疯树籽生产的合成石蜡基煤油的燃料混合物。大陆航空公司与波音公司、CFM国际公司（GE公司与Snecma公司即SAFRAN集团的50/50合资公司）、从事炼油技术的UOP公司以及生物燃料油供应商Sapphire能源公司 (海藻)和Terrasol 公司(麻疯树)合作进行该项目验证。生物燃料采用原料灵活的方法来自用于生产可再生“清洁柴油”的EcoFining工艺，UOP公司将海藻和麻疯树油脱氧化处理，然后采用选择性裂化和异构化用以生产合成石蜡基煤油（SPK），SPK再与常规航空燃料以高达50%比例进行调合。该验证飞行将是采用商业化飞机使用海藻为燃料来源的第一次生物燃料为动力的飞行，并第一次采用双发动机飞机（配备CFM 国际公司CFM56-7B发动机的波音737-800）。试飞时双CFM发动机中的一台将燃用50：50的混合油。这些生物燃料与煤油燃料(Jet-A)混合使用将可减小对化石燃料的依赖。
日本航空公司(JAL)是亚洲最大的航空公司，采用从三种第二代生物燃料原料混合物生产的UOP SPK（UOP公司生产的“绿色喷气”生物基合成的石蜡基煤油）进行验证飞行，三种第二代生物燃料原料为山茶油（84%）、麻疯树油（小于16%）和海藻油（小于1%）。验证飞行采用50%生物燃料和50%传统Jet –A喷气燃料（煤油），使用JAL拥有的波音747-300飞机中四台Pratt & Whitney JT9D发动机中的一台，于2009年1月30日从东京羽田机场起飞。