钻井要占用土地，要使用大量的钻井液（俗称泥浆）。钻井废液、井场上柴油机排出的废气、以及从地下返上来的岩屑，都可以造成环境污染，都是钻井过程中应当进行处理的对象。
首先是尽量减少占地，特别是减少占用耕地，以减少对生态环境的改变。一方面合理地紧凑地布置井场设置，一方面利用钻丛式井和水平井最大可能地开采地下原油。
为了降低钻井液对土地的污染，应在钻井液中添加聚合物代替污染环境的无机盐，用封闭的泥浆罐代替露天的泥浆池，并且对液井废液和岩屑待干固后进行填埋。
对于在海上作业的钻井平台和钻井船的环境要求，比陆地钻井更加严格。所有工业废水都要经过专门处理器，达到排放标准后才允许排放。海上平台所产生的生活垃圾和工业废弃物则经由运输船运回陆地掩埋。
测井过程中也可能造成环境污染。有一类测井方法叫放射性测井，使用了放射性同位素，如铯、镭、钡等放射性物质，这些物质如果在储运和使用过程中操作不当，都会辐射出对人有害的中子射线和伽马射线。在正常工作情况下，只要遵守操作规程，身体健康不会受到影响。工作之后，应将这些放射性源及时清点，妥善储藏，不能乱放，更不能丢失。
2008年，陕西省铜川市耀州区秦岭水泥公司丢失一枚含致命放射源的“铯——137”的核电子秤。事件发生后，有关方面大力追寻，没有结果。此前，秦岭水泥公司曾卖掉过拆除下来的大量废钢铁 ，分别卖给了四川德阳、湖北武汉、西安霸桥、咸阳、三原、渭南、富平的八家钢铁企业。考虑到丢失的“核电子秤”有可能被当作废钢铁卖掉，当地环保、公安等部门立刻抽调精兵强将，紧急排查这5000多吨废钢铁的去向。后来，陕西省环保厅工作人员在富平县一钢厂的废渣中检测出了“铯——137”成分。该钢厂从秦岭水泥公司共购回八车265吨废钢铁，检测时这批钢铁已被熔炼。据此，检测人员推测，这种遇水可爆、能致人性命的放射源很有可能已经熔炼。（石油知识编辑部）