最近的一项研究显示，利用玉米作物的秸秆生产的生物燃料，在释放有害排放物方面比汽油更糟糕。据《What Car》说，乙醇相当于一种溶剂，它会导致燃油泵、输水管过滤器和喷油器被堵。它还会腐蚀一些密封材料、塑料元件和金属零件，导致燃料泄漏甚至是发动机故障。
这一发现直接颠覆了欧洲和美国政府的说法：生物燃料是更清洁更环保的石油替代品，有助于对抗气候变化。
这项研究是第一批着眼于量化（超过12个位于大农业带的州）秸秆、叶子和玉米穗轴被收集起来，用来生产生物燃料，而不是让它们通过自然方式给土壤补充碳时会向大气里释放多少碳。研究发现，不管从田地里收集多少玉米残留物，这一过程均会加剧全球变暖。
生物燃料业和美国政府立即批评这项研究有缺陷。他们表示，对土壤中的碳损失分析太过简单，而且大大高估了这一市场——一旦起步农民将会清除的作物秸秆的量。
之前，美国政府一项耗资50万美元的研究曾宣称，利用玉米秸秆产生生物燃料，在刚开始的几年释放的温室气体比传统汽油多7％，然而从长远来看生物燃料更占优势。但是去年美国环保局对以玉米为基础的乙醇进行的一项调查分析，未能准确预测出它对环境造成的影响。
2012年能源部阿贡国家实验室进行的一项研究发现，用玉米残留物生产的生物燃料在温室气体排放上优于汽油95％。该研究假设，收集的一些玉米残留物将会取代煤产生的能量，从而减少温室气体排放，但是目前并不清楚未来生物炼制会不会这么做。
在生产纤维质生物燃料前，玉米残留物有可能仍是一个很大的碳来源，因此它也很难达到大规模商业化生产标准。去年，美国环保局第五次提议通过法律手段减少生物燃料的生产量。明尼苏达大学的大卫·提尔曼教授一直在研究生物燃料从农田到汽车尾气的这个过程中的温室气体排放，他表示，利用玉米残余物很难生产出比汽油对环境更有益、产生更少温室气体的生物燃料，因此纤维质生物燃料与玉米基础的乙醇有着相同处境。