现代分子微生物分析手段加快了内源微生物的解析和认识，已开发的油藏几乎都存在丰富的内源微生物，这是内源微生物驱油的先决条件。
内源微生物根据需要可用于驱油，也可用于调剖，理论上是成本最低的微生物驱油技术，也是目前的主要方向。国内学者认为针对枯竭油藏、地下液体流速很慢油藏，只需注入无机营养，同时注入适量的空气，让内源微生物利用地下残余油作为碳源，这种方式成本最低，大港油田曾与俄罗斯合作取得了成功。
针对整装区块、井网较完善、地下液体流速较快的油藏，微生物在地下停留时间较短，希望其快速发挥作用，需要适当补充碳水化合物，以促进微生物快速生长代谢。
特别值得注意的是，自从微生物采油技术诞生的70多年以来，人们一直关注的是微生物如何有效作用于油藏原油性能问题，国内外学者从未探讨过内源好氧或厌氧微生物与油藏储层矿物有何作用问题。
事实上，油藏储层中含有多种粘土矿物，往往构成泥质岩和碎屑储集岩填隙物质的主要组分。其中常见的粘土矿物有蒙脱石、伊利石、高岭石、绿泥石、蒙脱石/伊利石、伊利石/蒙脱石和绿泥石/蒙脱石不规则混层矿物等。人们重点关注的是，粘土矿物的存在和油气开发中遇到的各种油层损害密切相关。
这一崭新的发展方向，从当前利用微生物作用油藏原油研究，拓展到微生物作用油藏储层矿物研究，可为低渗油层储层缩膨与提高原油采收率开辟新的途径。更是在提高油藏储层渗透率工程中由防御型（防膨作用）转变为进攻型（缩膨作用）的体现，可为提高我国低渗油层原油采收率提供新的技术支撑。