理事会
按照《国际能源纲领协议》第50条第1款的规定，理事会“由各成员国的能源部长或高级官员为代表的一名或一名以上代表组成”。理事会由煤炭工业顾问委员会和石油工业顾问委员会协助工作。理事会依多数选出自己的主席和副主席。理事会主席的作用为，和国际能源机构的执行主任一起，制定政策和承担该机构的组织领导工作，充当理事会的主要公共代言人，完成理事会委托的各项工作和组织会议等。理事会为国际能源机构的最高权力机关。理事会的职权主要包括：制定国际能源机构的政策，确立成员国的义务，协调该机构内部各机关的工作，批准新成员的加入和发展对外关系；任命国际能源机构的执行主任，通过年度工作计划和机构的预算；做出为该机构本身的职能所必需的决定和建议；对有关国际能源形势的发展，包括任何成员国或其他国家的石油供应问题及其对经济和金融的影响，进行定期审议和采取适当的行动。不过，在履行最后一项职责时，理事会还应顾及对整个经济和金融问题负责的有关国际组织的职权和活动。
管理委员
管理委员会由各成员国的主要代表一人或一人以上组成。理事会设立了以下三个常设的委员会；非成员国家委员会、能源研究和技术委员会以及预算和支出委员会。每个委员会都享有建立该委员会的理事会决定所赋予的权限。管理委员会是理事会的执行机构。它应履行《国际能源纲领协议》所赋予的职责和由理事会所委派的任何其他职责。管理委员会可以就该协议范围内的任何事项进行检查并向理事会提出建议，还可以应任何会员国的请求召开会议。管理委员会依多数选出自己的主席和副主席。
常设小组
国际能源机构建立了四个常设小组：紧急情况常设小组、石油市场常设小组、长期合作常设小组、与石油生产国和其他石油消费国关系常设小组。每个常设小组由各成员国的政府代表一人或一人以上组成。每个常设小组的主席和副主席由管理委员会依多数选出。常设小组还设立了众多的辅助机关。常设小组的主要职权是为理事会准备报告、提出建议。具体而言，各常设小组应履行《国际能源纲领协议》为其规定的各自的职责(紧急情况常设小组的职责规定在该协议第1章至第5章及其附录、石油市场常设小组在第5章至第6章、长期合作常设小组在第7章、与石油生产国和其他石油消费国关系常设小组在第8章)，执行由理事会所委派的任何其他任务，审议《国际能源纲领协议》为其规定的各自范围内的任何事项并向管理委员会报告。此外，各常设小组还可以就其职权范围内的任何事项同石油公司进行协商(长期合作常设小组除外)。
秘书处
秘书处由执行主任和一些必要的公务员组成，大约有140人，均来自成员国。执行主任由理事会任命，但任期并不固定。秘书处包括五个办公室：经济、统计和情报系统办公室，石油市场和紧急防备办公室，长期合作和政策分析办公室，非成员国家办公室，能源技术和研究与发展办公室。秘书处的建立及其运作是由理事会依多数所做出一切必要的决定来进行的。秘书处应履行《国际能源纲领协议》所规定的职责和由理事会所委派的任何其他职责。执行主任和秘书处的公务员在履行其职责时，并不代表其本国，而应对国际能源机构负责并向该机构的有关机关报告。
值得注意的是，理事会还设立了“国际能源机构争端解决中心”。它负责以仲裁的方式解决石油买卖双方之间的争端，或者在执行紧急石油分享计划期间因石油供应交易而引起的石油交换方之间的争端。其管辖权来源于有关当事方提交的明确接受其管辖的声明。争端解决中心的仲裁程序规则，与联合国国际贸易法委员会和国际投资争端解决中心的相关规则类似。(石油知识)